در این بخش کلیه آزمایشهای روزانه از نظر فنی و علمی کنترل و ارزیابی شده و با استفاده از روشها و منحنی های کنترل کیفی رایج، صحت آزمایشها مورد بررسی قرار می گیرد. تأیید صحت نتایج آزمایشها با بکارگیری سرم کنترل های بین المللی و تطبیق نتایج آنها با جداول مربوطه و بردن نتایج آنها بر روی منحنی، انجام می گیرد.
در کنترل داخلی بخشها، بعضی از نمونه ها بطور ناشناس انتخاب و با مشخصات جدیدی به بخش مربوطه ارائه شده و نتایج با نتایج اصلی بیمار مقایسه می گردد.
کلیه دستگاهها سالی دو بار سرویس اساسی و تنظیم می گردد. سیستم های کامپیوتری این آزمایشگاه با شرکتهای متخصص طرف قرار داد بوده و در تمام طول سال سرویس و کنترل کیفی می گردد. باقیمانده سرم بیمار تا یک هفته در دمای 18 درجه زیر صفر نگهداری می گردد تا آزمایش مورد نظر در صورت لزوم تکرار گردد.
کلیه جوابهای آزمایش هر بیمار بطور جداگانه با یکدیگر مقایسه گردیده و با توجه به شرایط بالینی بیمار مورد بررسی قرار می گیرند و در صورت نیاز جهت آزمایش مجدد به بخش مربوطه ارجاع داده می شود.
در صورتیکه نتایج آزمایشها با تشخیص پزشک یا علت مراجعه بیمار هماهنگی نداشته باشد، پزشک مسئول فنی با پزشک بیمار و خود بیمار تماس حاصل کرده و اقدام به رفع نا هماهنگی می نماید و در صورت لزوم کلیه آزمایشهای مورد نظر بطور رایگان تکرار خواهند شد.